这道初中生物题的正确答案为：

D

解题思路
细胞核中有容易被碱性染料染成深色的物质，叫做染色体，染色体由DNA和蛋白质组成，DNA上决定生物性状的片段叫做基因，所以三者之间的关系是细胞核中有染色体，染色体上有DNA，DNA上有基因，故选项D符合题意。