这道初中生物题的正确答案为：

细胞分裂时，染色体会进行复制，随着分裂的进行，染色体分成形态和数目相同的两份，分别进入两个新细胞中．因此新细胞和原细胞的染色体形态相同，数目相同．所以已知水稻体细胞内有12对染色体，一个水稻根尖分生区细胞经过三次分裂后，所产生的新细胞内含有的染色体数目是12对． 故选：D．

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