这道初中化学题的正确答案为：

A、构成物质的微粒不只有分子，还有原子和离子，故A错误； B、由分子的基本性质知，分子间是有间隔，故B错误； C、原子的定义知原子是化学变化中的最小粒子，故C正确； D、在化学反应前后原子的种类和数目都保持不变而不是分子，故D错误． 故选：C．

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