这道初中历史题的正确答案为：

C

解题思路
本题主要考查学生对新疆历史的准确识记。依据已学知识可知在维吾尔等族人民的支持下，清军经过两年战斗，平定了大小和卓兄弟叛乱，设置伊犁将军，加强西北边疆的管理，故选C。