这道初中历史题的正确答案为：

C

解题思路
乾隆皇帝在平定准部和回部之乱后，为维护国家统一，在新疆地区采取的重要措施是设置伊犁将军，故选C。设立西域都护是新疆成为中央统辖的开始。设置驻藏大臣、实行金瓶掣签都是清朝加强对西藏管辖的措施。
点评：本题难度适中，考查的是学生对于历史知识的识记、理解能力。伊犁将军是新疆地区最高军政长官。驻伊犁惠远城。全称为总统伊犁等处将军。伊犁将军的设立，加强了对北部和西北边疆的统治，维护了国家的统一和领土完整。