这道初中历史题的正确答案为：

D

解题思路
乾隆皇帝平定大小和卓叛乱后，清朝政府在新疆地区设置伊犁将军，故选D。A、B、C项均是清朝政府在西藏采取的措施。
点评：本题难度较低，考查的是学生对历史知识的识记能力。大小和卓之乱的平定标志着清朝全国统一战争的完成，是乾隆皇帝的十全武功之一。古代史上有关新疆的史实，学生还要知道，公元前60年，西汉政府设置西域都护，标志着今新疆地区正式归属中央管辖。近代史上，左宗棠收复新疆后为了加强对西北边疆的防御，1884年清政府在新疆设立行省。新中国成立后，我国在新疆实行民族区域自治制度，建立了新疆维吾尔自治区。