这道初中历史题的正确答案为：

B

解题思路 在维吾尔等族人民的支持下，清军平定西北天山以南的大小和卓叛乱后，清朝设置伊犁将军府机构，管辖包括巴尔喀什湖在内的整个新疆地区。清朝军队驻扎新疆各地，设置哨所，加强对西北地区的管辖。故本题选B。