这道初中历史题的正确答案为：

（1）错（2）错（3）对（4）对（5）错（6）对

解题思路
（1）材料中董仲舒的观点是“罢黜百家，独尊儒术”，所谓的“罢黜”并不是使其“绝迹”，而是排斥和抑制其它学说，把儒家学说作为治国的指导思想。故推论是错误的。
（2）结合所学，在两次鸦片战争中，清政府认识到中西方在武器上的巨大差距，并没有看到制度与思想上的落后。所以洋务派主张学习西方，学的是西方的器物，是为了维护清政府的统治，故推论是不成立的。
（3）从香港、澳门的顺利回归中可以看出，“一国两制”这一构想的正确性，也正是有了“一国两制”这一正确思想的指导，港澳才能顺利的回归，故推论是正确的。
（4）达尔文的生物进化论第一次把生物学建立在科学的基础之上，在科学和社会领域引起了一场革命，中国维新变法时严复翻译的《天演论》主要就是阐述进化论中“物竞天择，优胜劣汰”的思想。故推论是正确的。
（5）材料和推论中提到的都是杜鲁门，而材料中的讲话是杜鲁门发表于1945年4月的，此时二战还没有结束，美苏之间仍是战时的同盟关系，杜鲁门主义指的是1947年杜鲁门发表的演说，标志着冷战的开始。故推论在时间上是不成立的。
（6）90年代，随着冷战的结束，世界格局呈现出“一超多强”的局面，多极化趋势正在加速发展，有利于抵制霸权主义，维护世界和平与稳定。故推论是正确的。