学校校本部设有11个学院、1个研究中心和1所附属卫生学校，包括基础医学院、药学院、公共卫生学院、护理学院、生物医学工程学院、中医药学院、医学人文学院、全科医学与继续教育学院、马克思主义学院、国际学院、燕京医学院，脑重大疾病研究中心，附属卫生学校。学校现有21所临床医学院（其中19所为附属医院），包括首都医科大学宣武医院（第一临床医学院）、附属北京友谊医院（第二临床医学院）、附属北京朝阳医院（第三临床医学院）、附属北京同仁医院（第四临床医学院）、附属北京天坛医院（第五临床医学院）、附属北京安贞医院（第六临床医学院）、附属复兴医院（第八临床医学院）、附属北京佑安医院（第九临床医学院）、附属北京胸科医院（第十临床医学院）、首都医科大学三博脑科医院（第十一临床医学院）、附属北京地坛医院（第十二临床医学院）、附属北京儿童医院（儿科医学院）、附属北京口腔医院（口腔医学院）、附属北京安定医院（精神卫生学院）、附属北京妇产医院（妇产医学院）、附属北京中医医院（中医药临床医学院）、附属北京世纪坛医院（肿瘤医学院）、附属北京康复医院（北京康复医学院）、附属北京潞河医院（潞河临床医学院）、中国康复研究中心（康复医学院）、中日友好医院（中日友好临床医学院），以及预防医学教学基地（北京市疾病预防控制中心）。学校还设有39个临床专科学院、专科学系，35个临床诊疗与研究中心。