| 所属院系 | 专业名称 |
| 船舶工程学院 | 海洋工程类（船舶与海洋工程、港口航道与海岸工程、海洋机器人） |
| 航天与建筑工程学院 | 航空航天类（飞行器设计与工程、飞行器动力工程、土木工程、工程力学） |
| 土木工程（中外联合办学） |
| 动力与能源工程学院 | 能源动力类（能源与动力工程、轮机工程） |
| 智能科学与工程学院 | 自动化类（自动化、测控技术与仪器、电气工程及其自动化、探测制导与控制技术、机器人工程） |
| 水声工程学院 | 电子信息工程（水声） |
| 水声工程 |
| 海洋信息工程 |
| 计算机科学与技术学院 | 计算机类（计算机科学与技术、信息安全） |
| 国家保密学院 |
| 软件学院 | 软件工程 |
| 机电工程学院 | 机械设计制造及其自动化 |
| 机械设计制造及其自动化（中外联合办学） |
| 工业设计 |
| 信息与通信工程学院 | 电子信息类（电子信息工程、通信工程） |
| 经济管理学院 | 工商管理类（工商管理、电子商务、公共事业管理） |
| 金融学 |
| 材料科学与化学工程学院 | 材料类（材料科学与工程、化学工程与工艺） |
| 材料物理（中外联合办学） |
| 外语系 | 英语 |
| 人文社会科学学院 | 法学 |
| 社会学 |
| 马克思主义学院 | 思想政治教育 |
| 核科学与技术学院 | 核工程与核技术 |
| 核化工与核燃料工程 |
| 数学科学学院 | 数学与应用数学 |
| 物理与光电工程学院 | 光电信息科学与工程 |
| 哈尔滨工程大学南安普顿海洋工程联合学院 | 船舶与海洋工程 |
| 轮机工程 |
| 自动化 |
| 水声工程 |
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