学校设有水文水资源学院、水利水电学院、港口海岸与近海工程学院、土木与交通学院、环境学院、能源与电气学院、信息学部、力学与材料学院、地球科学与工程学院、农业科学与工程学院、机电工程学院、海洋学院、理学院、商学院、公共管理学院、法学院、马克思主义学院、外国语学院、体育系、河海里尔学院（中外合作办学机构）等专业院系和大禹学院（拔尖人才培养学院）、远程与继续教育学院、国际教育学院。截止2020年9月，各类学历教育在校学生54478名，其中研究生18813名，普通本科生20165名，成人教育学生14201名，留学生1299名。