南京农业大学现有农学院、工学院、植物保护学院、资源与环境科学学院、园艺学院、动物科技学院（含无锡渔业学院）、动物医学院、食品科技学院、经济管理学院、公共管理学院、人文与社会发展学院、生命科学学院、理学院、信息科技学院、外国语学院、金融学院、草业学院、马克思主义学院、体育部等19个学院（部）；63个本科招生专业、30个硕士授权一级学科、20种专业学位授予权、17个博士授权一级学科和15个博士后流动站。