新疆大学设有研究生院，马克思主义学院、政治与公共管理学院、经济与管理学院、法学院、中国语言文学学院、历史学院、新闻与传播学院、外国语学院、数学与系统科学学院、物理科学与技术学院、化学学院、化工学院、生命科学与技术学院、资源与环境科学学院、地质与矿业工程学院、信息科学与工程学院、机械工程学院、电气工程学院、建筑工程学院、纺织与服装学院、旅游学院、软件学院、国际文化交流学院、商学院、未来技术学院等26个学院。