这道初中生物题的正确答案为：

科学探究常用的方法有观察法、实验法、比较法、调查法和资料分析法等． （1）观察：科学观察可以直接用肉眼，也可以借助放大镜、显微镜等仪器，或利用照相机、录像机、摄像机等工具，有时还需要测量．步骤：①要有明确的目的；②要全面、细致和实事求是，及时记录；③要有计划、要耐心；④要积极思考；⑤要交流看法、进行讨论． 观察法与实验法的本质区别是否对研究对象施加有影响的因素；联系：实验法是以观察法为基础． （2）探究实验的一般过程：提出问题、做出假设、制定计划、实施计划、得出结论、表达和交流． （3）调查：①要明确调查目的和调查对象；②制订合理的调查方案；③要如实记录；④要进行整理和分析；⑤要用数学方法进行统计． （4）分析资料：①资料的形式包括文字、图片、数据（图表）和音像等；②对获得的资料要进行整理和分析，从中寻找和探究线索． 由题意可知：始祖鸟的身体结构既和爬行动物有相同之处，又和鸟类有相同之处，科学家把始祖鸟与爬行动物还有鸟类作比较，所以用了比较法． 故选A

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