这道初中历史题的正确答案为：

（1）建立第一个统一的中央集权的封建国家，(1分)国家一切大权都集中在皇帝手中，或皇权至上。 (1分) （2）政治上设立军机处，使君主专制达到顶峰； 经济上实施重农抑商；科技方面鄙薄科学技术；文化上推行文字狱，八股文；思想意识上盲目自大；外交上实行闭关锁国 的政策（任意答出三点即可，一点1分） （3）我们应当提倡学术思想自由；提倡百花齐放，百家争鸣；限制思想自由会制约社会进步。（意思相近也可，1分)

解题思路
（1）材料一中提及了中国古代多位杰出的君王，其中“秦皇”指秦始皇，其最主要的功绩是建立第一个统一的中央集权的封建国家。这一功绩的主要特征是国家一切大权都集中在皇帝手中，或皇权至上。
（2）材料二中易教授认为“只不过这笔账要到很久以后才会得到清算，且由大清帝国来买单”。“由大清帝国来买单”的原因有政治上设立军机处，使君主专制达到顶峰； 经济上实施重农抑商；科技方面鄙薄科学技术；文化上推行文字狱，八股文；思想意识上盲目自大；外交上实行闭关锁国的政策。
（3）对“百家罢后无奇士，永为神州种祸胎”的看法：我们应当提倡学术思想自由；提倡百花齐放，百家争鸣；限制思想自由会制约社会进步。
点评：关于秦始皇的历史功绩，学生还要知道，秦朝建立的时间是公元前221年，定都咸阳，嬴政自称始皇帝。秦始皇在中央设立了丞相、太尉、御史大夫“三公”，地方推行郡县制，各级官员由朝廷任命。秦始皇巩固统一的措施包括：车同轨、书同文、统一货币、统一度量衡、修筑灵渠、修筑长城、焚书坑儒等。关于清朝的衰落，学生要能够从中得到启示：开放则国盛，闭关则国衰；思想解放能够促进社会发展与进步。