这道初中历史题的正确答案为：

D

解题思路
本题主要考查学生对新疆历史的准确识记。依据已学知识可知，清朝乾隆帝时，回部上层大小和卓兄弟发动反清叛乱，在维吾尔族等人民的支持下，清军经过两年战斗，平定了大小和卓分裂祖国的叛乱，清朝设置伊犁将军，加强对新疆的管辖，故选D。