这道初中历史题的正确答案为：

D

解题思路
本题为多项选择题，学生可以采用排除法进行选择。题目中要求的是新疆地区，首先册封达赖班禅和设置驻藏大臣都是西藏地区的，可以排除；结合所学，乾隆帝在平定大小和卓叛乱后，在新疆设立伊犁将军，管理新疆地区，故选D项。