这道初中生物题的正确答案为：

（1）呼吸；二氧化碳；光合； （2）呼吸；光合；二氧化碳的浓度低缺乏光合作用的原料； （3）种子的呼吸作用为幼苗的光合作用提供二氧化碳；幼苗的光合作用为种子的呼吸作用提供氧气

解题思路
（1）种子萌发需要适量的水，瓶中加水后种子的呼吸作用加强，放出大量的二氧化碳和能量，二氧化碳是光合作用的原料，二氧化碳的增多使玻璃罩的幼苗的光合作用增强．
（2）如果把漏斗和玻璃管都堵塞，幼苗进行光合作用释放出的氧和种子呼吸放出的二氧化碳都彼此无法进入，导致双方因缺乏原料而减弱．
（3）光合作用的原料恰好是呼吸作用的产物，而光合作用的产物是呼吸作用的原料，二者互相依存．种子的呼吸作用为幼苗的光合作用提供二氧化碳；幼苗的光合作用为种子的呼吸作用提供氧气．