这道初中生物题的正确答案为：

（1）二氧化碳 （2）二氧化碳是光合作用的原料   清水（蒸馏水） （3）移走小烧杯 （4）无土栽培 （根的）成熟区

解题思路
（1）若小烧杯中的液体是澄清的石灰水，将装置放在暗处一段时间后，小烧杯中的石灰水变浑浊，由此可证明玉米幼苗的呼吸作用产生了二氧化碳.
（2）通过一组对照实验，实验装置中小烧杯里的水应为清水，证明出二氧化碳是光合作用的原料。
（3）水分以气态从植物体内散发到体外的过程，叫做蒸腾作用，叶是植物体进行蒸腾作用的主要器官，因为小烧杯内有液体，要探究玉米幼苗的蒸腾作用，要移走小烧杯。
（4）无土栽培指的是不用土壤，而是依据植物生活所需无机盐的种类和数量的多少，将无机盐按照一定的比例配成营养液，用营养液来培养植物，所以题干中栽培植物的新方法属于无土栽培，根吸收水的主要部位是成熟区，因为成熟区由大量的根毛。
点评：此题是一道探究题，有一定的难度，解答此题的关键是理解并掌握光合作用、蒸腾作用的概念。