这道初中化学题的正确答案为：

D

解题思路 A、CO燃烧产物是二氧化碳，甲烷燃烧产物是二氧化碳和水，根据用干冷烧杯检验是否有水生成可以区分CO和甲烷．CO和甲烷燃烧产物均有二氧化碳，则用涂有澄清石灰水烧杯无法区分CO和甲烷．故方案一正确，方案二错误．
B、氢氧化钠显碱性，遇酚酞溶液显红色；氯化钠显中性，遇酚酞溶液不变色．氢氧化钠与稀盐酸反应生成氯化钠和水，反应物明显变化，不能鉴别．故方案一正确，方案二错误．
C、碳酸钠能与盐酸反应生成氯化钠、水和二氧化碳，能除去杂质且没有引入新的杂质，符合除杂原则；碳酸钠能与澄清石灰水的反应生成碳酸钙沉淀和氢氧化钠，能除去杂质但引入了新的杂质氢氧化钠，不符合除杂原则；故方案一正确，方案二错误．
D、碳酸钙能与盐酸反应生成氯化钙、水和二氧化碳，再过滤除去不溶物，能除去杂质且没有引入新的杂质，符合除杂原则；盐酸具有挥发性，蒸发可以除去盐酸；故两种方案均正确．
故选D．