这道初中历史题的正确答案为：

D

解题思路
本题主要考查代表清政府管理西藏的机构。四个选项中首先可以排除C选项，因为伊犁将军是代表清政府管理新疆的，其次可以排除A、B，因为达赖喇嘛和班禅额尔德尼本身就是西藏佛教首领，他们不可代表清朝中央政府，只代表西藏地方政府，只有D选项驻藏大臣是代表清政府管理西藏的。故选D。