这道初中数学题的正确答案为：

A

解题思路
因式分解可套用公式分别是公式a²﹣b²=（a+b）（a﹣b）和公式a²±2ab+b²=（a±b）²，所给出的6个多项式中，根据公式结构特点对各选项分析判断后利用排除法求解．
解：①x²+y²两平方项符号相同，不能运用公式；
②﹣x²+y²=（y+x）（y﹣x），两平方项符号相反，能运用平方差公式；
③﹣x²﹣y²两平方项符号相同，不能运用公式；
④x²+xy+y²，乘积项不是二倍，不能运用完全平方公式；
⑤x²+2xy﹣y²两平方项符号相反，不能运用完全平方公式；
⑥﹣x²+4xy﹣4y²=﹣（x²﹣4xy+4y²）=﹣（x﹣y）²，整理后可以利用完全平方公式．
所以②⑥两项能用公式法分解因式．
故选A．
点评：本题考查了用公式法进行因式分解的能力，进行因式分解时，需准确记忆公式的结果特点，以避免滥用公式而出错．